Ein düsteres Kapitel ist auch bei der Kleinbahn der 2. Weltkrieg. Am 04.07.1940 beantragt sie die Zuweisung von zunächst 10 Kriegsgefangenen. Als Grund wurde angegeben die notwendige Aufholung der rückständigen Bahnunterhaltungsarbeiten. Es wurden zunächst Flamen, später Franzosen und Russen zugewiesen. Das Kriegsgefangenenlager befand sich in Beidersee, später wurde auch der Gasthof in Beidersee zur Unterbringung von Russen genutzt und auch Kriegsgefangene in Wettin untergebracht Ab 1944 müssen die Kriegsgefangenen durch Armbinden gekennzeichnet werden.

Nach dem 2. Weltkrieg, kam die Wallwitz-Wettiner Eisenbahn zunächst zu den "Sächsischen Provinzialbahnen GmbH", am 03.09.1948 lautet der Firmenstempel der Geschäftspost auf "Vereinigung Volkseigener Betriebe des Verkehrswesens Sachsen-Anhalt - Landesbahnen". Kurz vor Gründung der DDR, durch die "Anordnung betreffend Übernahme des Betriebs von nicht reichsbahneigenen Eisenbahnen des öffentlichen Verkehrs durch die Deutsche Wirtschaftskommission - Generaldirektion Reichsbahn" des Sekretariats der Deutschen Wirtschaftskommission vom 9. März 1949, wurden die Kleinbahnen praktisch verstaatlicht.

Im Januar 1949 wurden in den Akten verstärkt Kohlediebstähle von Wettiner Bürgern angezeigt.

Aus der DDR-Zeit der Kleinbahn ist in den Akten nicht viel überliefert. Zunächst wurde der Personenverkehr eingestellt. 1966 wurde auch der Güterverkehr beendet.

Quellen: Landeshauptarchiv Sachsen-Anhalt, Abteilung Merseburg, Akten Bauregistratur der Regierung Merseburg "Bau einer Kleinbahn von Wallwitz nach Wettin", Rep. C 48; "Der Saalkreis", Kiel 1932;